Σύγχυση έχει δημιουργηθεί γύρω από το όνομα του νέου κοροναϊού, ο οποίος μετά το αρχικό προσωρινό όνομα του «2019 nCoV» πήρε επίσημη ονομασία, αλλά χωρίς να αποφευχθεί η παρεξήγηση. Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ) ονόμασε Covid-19 τη νόσο που προκαλεί ο ιός, ενώ ο ίδιος ο ιός ονομάστηκε SARS-CoV-2 από την αρμόδια ομάδα μελέτης των κοροναϊών της Διεθνούς Επιτροπής για την Ταξινόμηση των Ιών (ICTV), η οποία είναι η κατ’ εξοχήν υπεύθυνη για να «βαφτίζει» τους ιούς (και όχι ο ΠΟΥ).
Covid-19 σημαίνει «νόσος που προκαλείται από κοροναϊό και εκδηλώθηκε το 2019», ενώ το όνομα SARS-CoV-2 επιλέχθηκε επειδή ο νέος ιός θεωρείται «αδελφός» του παλαιότερου κοροναϊού SARS. Το όνομα σημαίνει «Σοβαρό Οξύ Αναπνευστικό Σύνδρομο από Κοροναϊό 2» και σχετική επιστημονική προδημοσίευση έγινε από τους επιστήμονες στην ιστοσελίδα Biorxiv (δεν έχει υπάρξει ακόμη επίσημη επιστημονική δημοσίευση).
Ο ΠΟΥ και η επιτροπή ταξινόμησης ιών ακολουθούν διαφορετικά κριτήρια ονοματοδοσίας. Ο ΠΟΥ πρωτίστως ενδιαφέρθηκε να δοθεί ένα όνομα που να μην «ενοχοποιεί» την Κίνα και να μην αναφέρεται άμεσα σε γεωγραφικές τοποθεσίες, ομάδες ανθρώπων ή ζώα, ώστε να αποφευχθεί κάθε στιγματισμός.
Η ομάδα μελέτης των κοροναϊών, με επικεφαλής τον ιολόγο Τζον Ζίμπουρ του γερμανικού Πανεπιστημίου Γιούστους Λίμπιχ του Γκίσεν, σύμφωνα με το «Science», πήρε υπόψη της το γονιδίωμα του νέου ιού και τον θεώρησε «αδελφάκι» του SARS, που είχε προκαλέσει την επιδημία του 2002-03, προσθέτοντας την ένδειξη CoV-2 (κοροναϊός 2).
Ο Ζίμπουρ δήλωσε ότι ενημερώθηκε από τον ΠΟΥ πως η Κίνα δεν ενθουσιάστηκε με το όνομα του νέου ιού, επειδή δεν θέλει συγκρίσεις και αναφορές με την τραυματική εμπειρία του παλαιότερου ιού SARS, ο οποίος είχε επίσης εμφανιστεί αρχικά στη χώρα αυτή (αυτό ίσως εξηγεί και τη βιασύνη του ΠΟΥ να «βαφτίσει» τη νόσο Covid-19).
