Είναι ένα από τα πέντε Κέντρα που λειτουργούν σε όλη τη χώρα. Περιοχή δικαιοδοσίας του είναι οι νμοί Καρδίτσας, Τρικάλων, Λάρισας, Μαγνησίας, Φθιώτιδας και Ευρυτανίας. Ο λόγος για το Κέντρο Ζωικών Γενετικών Πόρων Καρδίτσας, το οποίο εποπτεύεται από τη Διεύθυνση Ζωικών Γενετικών Πόρων και Κτηνοτροφικών Εγκαταστάσεων του ΥΠΑΑΤ και λειτουργεί σε επίπεδο τμήματος. Στο πλαίσιο του Β’ Κ.Π.Σ, κατασκευάστηκε στην περιοχή «Αμπέλια», 4 χλμ. από την πόλη σε έκταση 18.000 τ.μ μετά από παραχώρηση του δήμου Καρδίτσας στο υπουργείο Γεωργίας και από το 2004 στεγάζεται εκεί το Κέντρο Ζωικών Γενετικών Πόρων Καρδίτσας. Το όλο συγκρότημα, όπως αναφέρει σε σχετικό υπόμνημα προς το αρμόδιο υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, ο προϊστάμενος Αθανάσιος Χόντος, μετά και το ιδιαίτερο ενδιαφέρον που έδειξε ο αρμόδιος υπουργός Μάκης Βορίδης, κατά την επίσκεψή του σε αυτό, αποτελείται εκτός από το κτίριο Διοίκησης στο οποίο βρίσκεται το εργαστήριο ανάλυσης στοιχείων γάλακτος και από εγκαταστάσεις απογονικού ελέγχου κριαριών που περιλαμβάνουν το εργαστήριο ελέγχου αξιολόγησης, διαχείρισης και διατήρησης σπέρματος, το εργαστήριο ελέγχου πατρότητας των ζώων τα οποία είναι εφοδιασμένα με τα απαραίτητα όργανα και συσκευές στάβλους, αποθήκες κλπ., συνολικής κάλυψης 3.500 τμ. Σήμερα, τονίζει ο κ. Χόντος, λειτουργεί το κτίριο Διοίκησης και το εργαστήριο ελέγχου αξιολόγησης-διαχείρισης σπέρματος όπου εφαρμόζονται σύγχρονες τεχνικές αναπαραγωγής και γενετικής βελτίωσης στα πρόβατα Καραγκούνικης φυλής(τεχνητή σπερματέγχυση και απογονικός έλεγχος κριών). Το Καραγκούνικο πρόβατο, εκτρέφεται στο πεδινό τμήμα της Δυτικής Θεσσαλίας, έχει μεγάλη μακροβιότητα, υψηλή παραγωγικότητα και αντοχή στις διάφορες ασθένειες.
Παράλληλα στις σταυλικές εγκαταστάσεις φιλοξενείται ένας πυρήνας επιλεγμένων αρσενικών και θηλυκών Καραγκούνικων προβάτων ανθεκτικά στην τρομώδη νόσο, τα οποία αποτελούν μέρος της γενετικής βάσης για το πρόγραμμα γενετικής βελτίωσης και δημιουργίας ανθεκτικών εκτροφών στη νόσο. Οι εργασίες που πραγματοποιούνται συνοπτικά περιλαμβάνουν: αιμοληψίες των ζώων για την αναγνώριση της υγείας τους και ενδεδειγμένης αγωγής, προετοιμασία σπερματοδοτών κριών και αξιολόγηση σπέρματος, συγχρονισμός οίστρων προβάτων με ορμονικούς χειρισμούς, πραγματοποίηση τεχνητής σπερματέγχυσης και διάθεση γενετικού υλικού υψηλής παραγωγικότητας. Με τη δημιουργία και διάθεση γενετικού υλικού υψηλής παραγωγικότητας, ανθεκτικό σε διάφορα νοσήματα, προσαρμοσμένο στις συνθήκες περιβάλλοντος και εκτροφής της χώρας μας, εξασφαλίζεται, σημειώνεται επίσης, η βιωσιμότητα των κτηνοτροφικών εκμεταλλεύσεων, ενισχύεται και προστατεύεται η παραγωγή των τοπικών μας προϊόντων ονομασίας προέλευσης μέσα στη διεθνή ανταγωνιστικότητα των κτηνοτροφικών προϊόντων. Η διατήρηση της ποικιλότητας των γενετικών πόρων των αγροτικών ζώων μέσω της δημιουργίας τράπεζας γενετικού υλικού, ξεκινώντας από τις απειλούμενες αυτόχθονες φυλές, θα βοηθήσει τους κτηνοτρόφους να αντιμετωπίσουν τις τρέχουσες μελλοντικές προκλήσεις λόγω των αλλαγών του περιβάλλοντος(ανθεκτικότητα, προσαρμοστικότητα κλπ) καθώς και να ανταποκριθούν σε ενδεχόμενες αλλαγές των απαιτήσεων των καταναλωτών σε προϊόντα ζωικής προέλευσης, δεν παραλείπει επίσης να σημειώσει ο κ. Χόντος.
Για να καταλήξει τονίζοντας ο ίδιος στο ΑΠΕ-ΜΠΕ: «Ο ρόλος και η προσφορά του Κέντρου Ζωικών Γενετικών Πόρων Καρδίτσας, είναι σημαντικός και είναι ανάγκη να ενισχυθεί με μόνιμο προσωπικό, για καλύτερες υπηρεσίες».