Στο ότι δεν απαλλάσσεται η Εκκλησίας της Ελλάδος από το φόρο εισοδήματος απεφάνθη το Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣΤΕ) με τρεις αποφάσεις του.
Ειδικότερα, η Εκκλησία της Ελλάδος είχε προσφύγει στο ΣτΕ και ζητούσε να ανακαλέσει μερικώς, λόγω πλάνης, ο προϊστάμενος της Α΄ Δ.Ο.Υ. Αθηνών τις δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος των ετών 2011-2013 (διαχειριστικά έτη 2010-2012), που την υποχρέωναν να καταβάλλει συνολικό φόρο ύψους 18 εκατ. ευρώ περίπου.
Ακόμη, ζητούσε να αναγνωριστεί ότι το ακαθάριστο εισόδημα που δηλώθηκε από την εκμίσθωση των 164 αστικών ακινήτων της απαλλάσσεται από το φόρο εισοδήματος και ότι πρέπει για το λόγο αυτό να τις επιστραφεί το ποσό των 2,9 εκ. ευρώ περίπου (εισόδημα από τα επίμαχα ακίνητα) ως αχρεωστήτως καταβληθείς φόρος εισοδήματος.
Οι επικυρωμένες αποφάσεις του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών
Το Β΄ Τμήμα του ΣτΕ με τις υπ΄ αριθμ. 1731-1733/2018 αποφάσεις του (πρόεδρος η αντιπρόεδρος Μαίρη Σάρπ και εισηγήτρια η σύμβουλος Επικρατείας Ευαγγελία Νίκα) απέρριψε τις αιτήσεις της Εκκλησίας της Ελλάδος και παράλληλα επικύρωσε αντίστοιχες αποφάσεις του Διοικητικού Εφετείου Αθηνών.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας αποφάνθηκαν ότι η απαλλαγή από το φόρο που προβλεπόταν από το έτος 1952 με το Νομοθετικό Διάταγμα 2185/1952 για τα νομικά πρόσωπα καταργήθηκε το 1971 με το Νομοθετικό Διάταγμα 1077/1971.
Συνεπώς, συνεχίζει το Συμβούλιο της Επικρατείας, «έκτοτε η Εκκλησία της Ελλάδος ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου μη κερδοσκοπικού σκοπού, κατά τα άρθρα 99, 101 και 109 του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος (Κ.Φ.Ε.) υπόκειται σε φόρο εισοδήματος για τα εισοδήματα από τα παραχωρηθείσα σ΄ αυτήν δυνάμει της σύμβασης του 1952 αστικά ακίνητα (σ.σ.: συνολικά είναι 164).
Μάλιστα, συνεχίζουν οι σύμβουλοι Επικρατείας, οι ρυθμίσεις του άρθρου 12 του νόμου 3842/2010 για τη κατάργηση των φορολογικών απαλλαγών νομικών προσώπων κερδοσκοπικού ή μη χαρακτήρα δεν επέφερε αλλαγή στις ήδη υφιστάμενες υποχρεώσεις για τα συγκεκριμένα ακίνητα της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Πριν καταλήξουν οι δικαστές στο τελικό «δια ταύτα», ερμήνευσαν προηγουμένως τόσο το άρθρο 104 του Συντάγματος του 1952, όσο και το άρθρο 17 παράγραφος 1 του ισχύοντος Συντάγματος.
