Στην Συμφωνία των Πρεσπών η οποία αναμένεται να τεθεί σε ψηφοφορία στην ελληνική βουλή, αναφέρθηκε σε συνέντευξή του στην εκπομπή «Flash Magazino» στο Flash Radio 99.4 και στον Χρήστο Τσαλικίδη, ο βουλευτής της Νέας Δημοκρατίας στον νομό Καβάλας, Νίκος Παναγιωτόπουλος.
Από την πλευρά του, αναφερόμενος στην ονοματολογική συμφωνία Αθήνας-Σκοπίων, εκτίμησε ότι «όχι μόνο ο κόσμος της Καβάλας, αλλά και στη συντριπτική πλειοψηφία, η ελληνική κοινωνία είναι απέναντι σε μια συμφωνία που αισθάνεται ότι αποτελεί μεγάλη εθνική υποχώρηση. Άλλωστε, αυτός είναι και ο λόγος που δεν κατέληγαν σε συμφωνία με τους Σκοπιανούς, προηγούμενες ελληνικές κυβερνήσεις».
Παράλληλα, εξαπέλυσε σφοδρή επίθεση εναντίον του πρωθυπουργού Αλέξη Τσίπρα, τον οποίο κατηγόρησε ότι «ενδιαφέρεται να κάνει μόνο τα χατίρια των ισχυρών της διεθνούς σκηνής, μήπως αυτοί του ανταποδώσουν τη χάρη και τον κρατήσουν παραπάνω στην εξουσία».
Αναφερόμενος στα αίτια για τα οποία η Νέα Δημοκρατία, δεν θα υπερψηφίσει την Συμφωνία των Πρεσπών εφόσον αυτή έρθει προς ψήφιση στην ελληνική βουλή, ο κ. Παναγιωτόπουλος, τόνισε ότι «(σσ ως ΝΔ) θεωρούμε ότι αυτή η συνθήκη, ανοίγει τον δρόμο ούτως ώστε στο μέλλον να εκδηλωθούν αλυτρωτικές επιδιώξεις των γειτόνων. Διότι οι πολιτικές συγκυρίες και οι γεωπολιτικοί συσχετισμοί αλλάζουν, δεν μένουν πάντα ίδιοι».
Ακόμα συμπλήρωσε ότι «στην ολομέλεια θα έρθει η ώρα της αλήθειας, δεδομένου ότι κάθε βουλευτής θα ψηφίσει ονομαστικά τον αν υπερψηφίζει ή δεν υπερψηφίζει την Συμφωνία των Πρεσπών».
Όσον αφορά δε τις προσωπικές του εκτιμήσεις, ο κ. Παναγιωτόπουλος, τόνισε ότι «έτσι όπως φαίνονται τα πράγματα τώρα, και με τα δεδομένα των τελευταίων ημερών, η κυβέρνηση θα αναζητήσει μια άλλη πλειοψηφία από αυτή που αναζήτησε στην παροχή ψήφου εμπιστοσύνης».
Σε ερώτηση που δέχθηκε σχετικά με το αν θα μπορούσαν να αλλάξουν τα δεδομένα εφόσον αλλάξει η κυβέρνηση γύρω από αυτό το ζήτημα, ο κ. Παναγιωτόπουλος τόνισε ότι «το πράγμα δυσκολεύει πολύ, αν περάσει η συμφωνία. (…) Δεν μπορώ να πω ότι το παιχνίδι είναι χαμένο. Θεωρώ ότι υπάρχουν τα περιθώρια να αμφισβητηθεί η ισχύς μιας συνθήκης η οποία αντιτίθεται στη βούληση, στην ουσία, των συμβαλλόμενων λαών. Αυτό μπορεί να αποδειχθεί. Ήδη το υπονόησαν πριν από μερικές ημέρες οι Ρώσοι».